Mulder retrouve Jérémiah Smith et tente de le convaincre de soigner sa mère mais ils sont pris en chasse par le tueur à gages extraterrestre, bien décidé à éliminer tous les témoins. Smith révèle alors à Mulder la nature du complot en l’emmenant dans une exploitation agricole du Canada où des enfants clonés récoltent le pollen de mystérieuses abeilles tueuses. De son côté, Scully découvre grâce à M. X un bien mystérieux programme concernant la variole…