En Afrique, Scully assiste au déterrement d’un vaisseau spatial et tente de localiser l’origine du mal dont souffre Mulder en étudiant les idéogrammes navajos retrouvés sur le vaisseau extraterrestre. Elle réalise alors qu’elle détient la preuve d’une ancestrale vie alien sur Terre et en déduit donc que les extraterrestres sont peut-être à l’origine de la vie humaine. Scully rejoint Mulder, interné dans un hôpital psychiatrique, afin de trouver un remède aux crises schizophréniques et aux intenses migraines dont il est victime. Mulder retrouvera t-il un jour la raison ?…