Suite à l’incendie criminel du bureau des affaires non classées survenu quelques mois auparavant, Mulder et Scully sont remplacés par les agents Jeffrey Spender et Diana Fowley. Affectés à un autre service par le conseil de discipline du FBI, Mulder et Scully ont réussi à faire rouvrir le bureau des affaires non classées après avoir rapporté devant la commission d’enquête la preuve de l’existence d’abeilles porteuses d’un virus d’origine inconnue et ont donc démontré l’intérêt du bureau des affaires non classées pour résoudre ce genre de cas. Pendant ce temps, un scientifique travaillant pour le consortium est infecté par un étrange virus et meurt de manière atroce après avoir mis au monde une entité biologique extraterrestre. Mais le nouveau directeur adjoint du FBI, Alvin Kersh, refuse de croire Mulder lorsqu’il affirme que les extraterrestres sont en train de coloniser la Terre…